Sjávarútvegur er sá þáttur ESB-aðildar sem hefur mest í húfi fyrir Ísland. ESB fer með einkavald yfir fiskveiðistjórnun — ólíkt flestum öðrum stefnusviðum geta aðildarríki ekki sett eigin lög um fiskveiðar.
Sameiginleg fiskveiðistefna ESB (CFP) fellur undir einkavaldsvið sambandsins. Þetta þýðir að aðildarríki geta ekki sett eigin lög um stjórn fiskveiða — allar meginákvarðanir um kvóta, veiðarfæri og verndun stofna eru teknar í Brussel. Ekkert aðildarríki hefur fengið varanlega undanþágu frá CFP.
Meginreglan um jafnan aðgang þýðir að fiskiskip frá öllum ESB-ríkjum eiga rétt á að veiða í efnahagslögsögu hvers annars á svæðinu frá 12–200 sjómílum. Íslenska fiskveiðilögsagan er 758.000 ferkílómetrar — ein sú verðmætasta á norðurslóðum.
Hagfræðistofnun Háskólans komst að þeirri niðurstöðu í skýrslu 2014 að „erfitt geti reynst að ná fram varanlegum undanþágum frá reglum sambandsréttar — sérstaklega á sviði fiskveiða þar sem stefnan er sameiginleg og ESB fer eitt með lagasetningarvald."
Fjölmörg fordæmi sýna að samningsbundin vernd í sjávarútvegsmálum getur brotið saman þegar pólitískt jafnvægi breytist innan ESB.
Haag-viðmiðin frá 1976 tryggðu Írlandi lágmarkskvóta í eigin lögsögu og höfðu haldið gildi sínu í 50 ár. Í desember 2025 stóðu Frakkland, Holland, Þýskaland og Pólland saman og felldu þau með þingmeirihluta í ráðherraráðinu. Írland varð undir. Haag-viðmiðin höfðu verið forsenda þess að Írland gekk inn í sameiginlegu sjávarútvegsstefnuna.
Bretland reyndi að krefjast þess að útgerðir væru 75% í eigu breskra ríkisborgara til að fá hlutdeild í landscvótanum. Evrópudómstóllinn úrskurðaði að slíkt stæðist ekki löggjöf ESB. Ísland gæti á sama hátt ekki komið í veg fyrir að erlend fyrirtæki keyptu íslenska útgerð og fengju hlutdeild í kvóta.
Evrópski hafs-, fiskveiða- og fiskeldissjóðurinn (EMFAF) hefur heildarfjármagn upp á €6,1 ma. fyrir öll 27 aðildarríki á tímabilinu 2021–2027. Mat fyrir Ísland, miðað við stærð sjávarútvegs:
Sem aðildarríki hefði Ísland atkvæðisrétt í ráðherraráðinu þar sem ákvarðanir um aflaheimildir eru teknar. En Spánn og Frakkland — sem eiga stóra flota en rýr fiskimið — hafa sögulega barist fyrir auknum aðgangi að miðum annarra ríkja. Átakalínur ESB í sjávarútvegsmálum eru milli norðlægra og suðlægra ríkja.
Noregur hefur náð samningi um aðgang að innri markaði án þess að vera aðili að CFP. En Noregur er mjög stór olíuframleiðandi og einn mikilvægasti viðskiptavinur ESB — Ísland er í annarri stöðu.
Grænlandslíkanið — tollfrjáls aðgangur gegn veiðiheimildum — er annað fordæmi. Þar seldi Grænland fiskveiðiheimildir gegn markaðsaðgangi. Spurningin er: á hvaða verði yrðu íslenskar veiðiheimildir keypt — og af hverjum?